Der Große Moddersee ist Teil der Teupitzer Gewässer – eine Kette von Seen, die über Kanäle miteinander verbunden sind und einen reichen Bestand, insbesondere an Weißfischen, Zander und Aal aufweisen. Außer dem Teupitzer, Schweriner und Zemminsee befinden sich alle Seen der Kette im Naturpark Dahme-Heideseen, so auch der Große Moddersee.